لكن إلغاء مسابقة الدوري في الموسم التالي بسبب كأس العالم 1990 أجبرت فايتسه على الرحيل ليأتي محمود السايس بدلاً منه، ومعه رحل التوأم حسن وهاني رمزي للإحتراف في القارة الأوروبية، وبدا واضحاً أن الفريق يحتاج لعملية إعادة بناء جديدة.

لكن البناء لم يأتي بالطريقة المأمولة لدى الجماهير الحمراء، التي وجدت أمامها وعلى مدار سنوات ثلاث فريقاً يضم أسماء مثل خالد الضبع وجمال مساعد وسعيد العراقي وعصام ربيع وحمادة يونس وعبد الحميد فتح الله (ميدو) ومحمد عبد الفتاح (كفته) وأحمد حسين.. وصار على عاتق لاعبين مثل محمد عبد الجليل وعمرو أنور وطارق خليل أن يحملوا الفريق على عاتقهم مشاركة مع الكبار طاهر أبو زيد وربيع ياسين وعلاء ميهوب ومحمود صالح، ومعهم أسامة عرابي وأحمد شوبير والوافد الجديد محمد رمضان.

ودفع الأهلي الثمن بخسارة الدوري لثلاث سنوات متتالية.. أولاها بسيناريو درامي في مباراة فاصلة أمام الإسماعيلي بالمحلة، ثم جاءت الثانية بالطريقة الأكثر سوءً.. موسم بدأه الانجليزي مايكل إيفريت مدرباً للأهلي لتتوالى النكسات ويتراجع الأهلي للمركز التاسع، ليرحل إيفريت ويأتي شوقي عبد الشافي مدرباً مؤقتاً ومن بعده أنور سلامة، ورغم النكسات تدخلت روح الفانلة الحمراء ليحافظ الأهلي على لقب الكأس الذي حققه في 91 أيضاً وعلى حساب الزمالك، وينهي الفريق الدوري في المركز الرابع.

ومع نهاية موسم 91-92 رأى رئيس النادي صالح سليم (عليه رحمة الله) أن الوقت قد حان لبناء فريق جديد، وخرج للجماهير بمقولة شهيرة "عليكم الصبر قليلاً فقد نخسر عاماً أو إثنين لكننا سنفوز بكل شيء بعد ذلك".. صالح ورفاقه وجدوا أن الوقت قد حان ليسلم الجيل القديم الراية.. معها قرر الأهلي الاستغناء عن نجومه الأربعة الكبار طاهر أبو زيد وربيع ياسين وعلاء ميهوب ومحمود صالح كخطوة أولى على طريق البناء، وبدأت أسماء مثل هادي خشبة ووليد صلاح الدين تحصل على فرصتها في الفريق، مع عودة التوأم حسن من إحتراف أوروبي قصير وإنضمام لاعبين مثل ثنائي المنصورة أحمد فهمي (رحمه الله) وياسر ريان. وتحققت نبوءة صالح سليم ليخسر الأهلي الدوري الذي نافس عليه مع الزمالك حتى النفس الأخير، لكنه احتفظ بلقب الكأس للعام الثالث على التوالي.

 وفي بداية موسم 1993-1994 جاء الانجليزي آلان هاريس مديراُ فنياً بعدما وجد صالح سليم ورفاقه أن "المدرب المصري لا يصلح لقيادة الأهلي في هذا التوقيت" على حد تعبير صالح نفسه. ومع هاريس ضم الأهلي مجموعة من النجوم، ربما كان أبرزهم رضا عبد العال القادم بعد معركة شهيرة مع ناديه الزمالك، وعمرو الحديدي ومحمود أبو الدهب وجمال السيد والغاني أحمد فيليكس. وحسم الأهلي لقب الدوري بعد غياب ثلاث سنوات بمباراة فاصلة مع الإسماعيلي بالإسكندرية، ومن قبله لقب بطولة أفريقيا للأندية أبطال الكؤوس 1993.

السيطرة الحمراء على لقب الدوري دامت سبع سنوات متتالية مع الثلاثي آلان هاريس (1993 – 1995) والألمانيين راينر هولمان (1995 – 1997) وراينر تسوبيل (1997 – 2000)، وظل درع الدوري في الجزيرة حتى نهاية موسم 1999-2000، بالإضافة للقب كأس مصر 1996 وأربعة ألقاب عربية بواقع لقب لأبطال الدوري وآخر لأبطال الكؤوس ولقبين للنخبة.

وخلال هذه السنوات السبع إستمرت عملية البناء بشكل متواصل، فتم ضم نجوم مثل سمير كمونة وعصام الحضري ومجدي طلبة وعلي ماهر ومحمد عمارة وعلاء إبراهيم، بالإضافة لتصعيد لاعبين واعدين مثل سيد عبد الحفيظ ومحمد فاروق وإبراهيم سعيد. ودفع الأهلي غالياً ثمن الانسحاب من البطولات الإفريقية بحجة تعنت الاتحاد الإفريقي لكرة القدم (CAF) وقتها على خلفية أحداث مباراة كأس السوبر 1994، لتضيع عليه فرصة تعزيز ألقابه القارية. وعاد الأهلي للمشاركة في 1998 بفريق تنقصه الخبرة الأفريقية في أغلب عناصره ليودع دوري الأبطال دون إنجاز يذكر حتى عام 2000.