محمد يوسف مديرا فنيا مؤقتا للأهلي بعد إقالة الفرنسي باتريس كارتيرون، نفس الأمر تكرر مع يوسف في مايو 2013 بعد إعلان حسام البدري رحيله عن تدريب الفريق عقب التأهل لدوري المجموعات بدوري أبطال أفريقيا على حساب البنزرتي.
وقرر مجلس إدارة الأهلي برئاسة حسن حمدي اختيار محمد يوسف مديرا فنيا للفريق حتى نهاية الموسم ليبدا مهمته مع الأهلي بمواجهة تليفونات بني سويف في منافسات الدوري وحقق الفريق الفوز بنتيجة 2/1.
وحقق الأهلي مع محمد يوسف حمس مباريات في الدوري على التوالي قبل أن يتم الغاء البطولة بسبب الأحداث السياسية التي مرت بها البلاد.
صدمة وتتويج
المدير الفني استمر في قيادة الأهلي بدوري أبطال أفريقيا وتعادل في مباراته الأولى ضد الزمالك 1/1 ثم تعرض لصدمة كبيرة بالهزيمة في الجونة أمام أورلاندو بايرتس 3/0.
الأهلي مع يوسف حقق عودة تاريخية في البطولة حيث انتصر ذهابا إيابا على حساب ليوبار ثم الفوز على الزمالك برباعية ليصعد للدور نصف النهائي وتعادل مع أورلاندو في اللقاء الأخير ليتصدر المجموعة.
وفي نصف النهائي حقق التأهل الصعب على حساب القطن الكاميروني بضربات الترجيح ثم الفوز بلقب البطولة على حساب أورلاندو.
نتائج مخيبة في كأس العالم للأندية
دخل فريق الأهلي بطولة كأس العالم للأندية ورغبة في تحقيق مركز متقدم غير أن الفريق تعرض للهزيمة من الفريق الصيني 2/0 والهزيمة من مونتيري 5/1.
كاس سوبر جديد
قاد محمد يوسف الأهلي للتويج بلقب السوبر الأفريقي على حساب الصفاقسي التونسي 3/2 ويصبح الأهلي الأكثر تتويجا بالألقاب في ذلك الوقت.
العودة للبطولة المحلية
موسم 2013/2014 بدأ محمد يوسف مع الأهلي بتحقيق 4 انتصارات متتالية غير أن الفريق تعرض لهزة وخسارة تاريخية من المقاولون العرب والتي لم يتعرض لها الفريق في وقتها كما تعرض الفريق للهزيمة من الداخلية بهدف دون رد ثم خسر الأهلي أمام الجونة أيضا.
ورغم البداية الغير جيدة عاد محمد يوسف وضمن الأهلي الصعود للدورة الرباعية لتحديد بطل الدوري.
خروج أفريقي وتأهل صعب بالكونفدرالية
تعرض الأهلي لهزة كبيرة تحت قيادة محمد يوسف بعد الفشل في الصعود لدور المجموعات بدوري أبطال أفريقيا بعد الهزيمة من أهلي بني غازي وضياع حلم اللقب.
وصعد الأهلي لدور المجموعات بالكونفدرالية بعد هدف في الدقيقة الأخيرة على حساب الدفاع الحسني الجديدي.
خروج من الأهلي
خرج محمد يوسف من الأهلي بعد الصدام مع إدارة محمود طاهر في ذلك الوقت ليخلفه فتحي مبروك الذي قاد الفريق للفوز ببطولة الدوري قبل الرحيل والتعاقد مع جاريدو.
ارقام محمد يوسف مع الأهلي
قاد محمد يوسف فريق الأهلي في 39 مباراة بكل البطولات وحقق الفريق الفوز في 22 مباراة والتعادل في 6 مباريات والهزيمة في 11 لقاء.
وحقق الأهلي مع يوسف لقب دوري ابطال أفريقيا ولقب السوبر الأفريقي.